Certaines bactéries dans nos intestins remontent à au moins quinze millions d'années soit bien avant que nous soyons devenus humains, selon des chercheurs de l'Université de Californie.

Notre flore intestinale abriterait des bactéries vieilles d'au moins 15 millions d'années. C'est ce que révèlent des chercheurs dede l'Université de Californie à Berkeley, aux Etat-Unis, dont les travaux paraissent dans la revue américaine Science.  

Cette découverte suggère que l'évolution joue un plus grand rôle dans la composition du microbiote intestinal qu'on ne le pensait. Ces bactéries contribuent aux premiers stades de développement de nos intestins, entraînent notre système immunitaire à combattre des agents pathogènes et pourraient même affecter notre humeur et comportement, précisent-ils.  

Des bactéries présentes chez les grands singes

"Nous montrons avec cette recherche que certaines bactéries intestinales humaines descendent directement de celles qui vivaient dans les intestins de nos ancêtres communs avec les singes", indique Andrew Moeller, un chercheur de l'Université de Californie à Berkeley, un des coauteurs. 

"Cela prouve qu'il y a une lignée ininterrompue de ces bactéries depuis des millions d'années, depuis l'émergence des singes africains", ajoute-t-il. Alors que les humains et les grands singes ont évolué dans des espèces distinctes à partir d'un ancêtre commun, les bactéries présentes dans les intestins de ce dernier ont également évolué dans des souches différentes, ont déterminé ces scientifiques. 

Ils ont trouvé des preuves génétiques que l'évolution séparée de cesbactéries en souches distinctes s'est produite quand les ancêtres communs ont commencé à évoluer en diverses espèces. 

"Nous savions depuis longtemps que les humains et nos plus proches cousins, les grands singes, ont ces bactéries dans leurs intestins", relève Andrew Moeller. "La plus grande question à laquelle nous cherchions à répondre était celle de savoir d'où viennent ces bactéries, de notre environnement ou de notre évolution, et combien de temps les lignées ont persisté", ajoute-t-il. 

Analyse d'échantillons fécaux

Pour cette recherche, ces scientifiques ont analysé des échantillons fécaux de chimpanzés, de bonobos et gorilles qui vivent à l'état sauvage en Afrique et des personnes aux Etats-Unis. Des fossiles et des indices génétiques ont permis d'établir que ces quatre espèces d'hominidés ont toutes évolué à partir d'un ancêtre commun qui vivaient il y a plus de dix millions d'années. 

Les chercheurs ont utilisé le séquençage génétique pour analyser toutes les différentes versions d'un gène bactérien présent dans tous les échantillons fécaux. A partir de ces données, ils ont pu reconstruire les arbres de l'évolution des trois groupes de bactéries intestinales qui forment plus de 20% du microbiome humain. Deux de ces groupes ont une évolution similaire à celle des hominidés.